Církevní základní škola byla 1. listopadu 1996 zřízena Římskokatolickým biskupstvím v Hradci Králové z iniciativy tehdejšího sídelního biskupa Mons. Karla Otčenáška a zesnulého ředitele Biskupského gymnázia ing. Václava Bláhy. Motivem byla vize mít v sídle diecéze v Hradci Králové ucelený systém církevního školství od předškolního zařízení, přes základní až po střední školu.
První třída se otevřela v září 1997 a nacházela se v budově Biskupského gymnázia. Od školního roku 2000/2001 se naše škola nachází Na Hradě 90 a nyní je už několik let úplnou základní školou se všemi devíti ročníky. Od září 2005 k ní patří i mateřská škola. Od 5. 7. 2006 nesla název Základní škola a mateřská škola Jana Pavla II.
Na základě rozhodnutí Biskupství královéhradeckého jakožto zřizovatele Biskupského gymnázia Bohuslava Balbína v Hradci Králové a Základní školy a mateřské školy Jana Pavla II. v Hradci Králové došlo 1. 7. 2009 ke splynutí těchto škol v jednu školskou právnickou osobu. Rozhodnutí spojit hradecké církevní školy bylo motivováno zejména snahou sjednotit koncepci škol pod jedním vedením a také církevní školy v Hradci Králové jednotně prezentovat, jako kvalitní výchovně-vzdělávací instituce, které mají své důležité místo ve školské soustavě.
V roce 2017 jsme otevřeli hudební a výtvarný obor a zahájili tak působení základní umělecké školy. Naše souškolí tedy vzdělává žáky v různých stupních a oblastech a nese název Biskupské gymnázium, církevní základní škola, mateřská škola a základní umělecká škola v Hradci Králové.